Badan Perencanaan Pembangunan Daerah (BAPPEDA) Kabupaten Bengkayang dibentuk berdasarkan SK Gubernur Kalimantan Barat No.137 Tahun 1999 mengacu pada KEPRES No.27 Tahun 1980 Jo.KEPMENDAGRI No.185 Tahun 1980 tentang Struktur Organisasi dan Tata Kerja BAPPEDA TK.I dan BAPPEDA TK.II. Selanjutnya sejalan dengan semangat OTDA yang tertuang dalam Undang- Undang No.22 Tahun 1999 dan Peraturan pelaksananya Peraturan Pemerintah NO.84 Tahun 2000 tentang Pedoman Organisasi Perangkat Daerah maka BAPPEDA TK.II Bengkayang direstrukturisasi menjadi Badan Perencanaan dan Pengendalian Pembangunan (BAPEDALBANG) Kabupaten Bengkayang melalui PERDA Kabupaten Bengkayang Nomor 6 Tahun 2000 tentang Struktur Organisasi Daerah TK.I dan TK.II dan direvisi kembali menjadi Badan Perencanaan Pembangunan Daerah (BAPPEDA), sesuai Perda Nomor 1 Tahun 2003 tentang Revisi Struktur Organisasi Lembaga Teknis Daerah serta diatur kembali dalam Perubahan pertama kali Organisasi Perangkat Daerah dan Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kabupaten Bengkayang, dan dalam rangka menyesuaikan serta mempedomani Peraturan Pemerintah Nomor 41 Tahun 2007 tentang Organisasi Perangkat Daerah, yang ditindaklanjuti dengan Peraturan daerah Nomor 13 Tahun 2011 Organisasi Perangkat Daerah Kabupaten Bengkayang, sebagaimana telah diubah beberapa kali, terakhir dengan Peraturan Daerah Nomor 11 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Bengkayang (Lembaran Daerah Kabupaten Bengkayang Tahun 2016 Nomor 11, Tambahahan Lembaran Daerah Kabupaten Bengkayang Nomor 11) sebagaimana telah diubah beberapa kali, terakhir dengan Peraturan Daerah Nomor 6 Tahun 2023 tentang Perubahan Keempat Atas Peraturan Daerah Nomor 11 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Bengkayang (Lembaran Daerah Kabupaten Bengkayang Tahun 2023 Nomor 6, Tambahan Lembaran Daerah Kabupaten Bengkayang Nomor 6) dan diperjelas lagi dalam Peraturan Bupati Bengkayang Nomor 44 Tahun 2023 tentang Struktur Organisasi, Tugas Pokok dan Fungsi Badan Perencanaan Pembangunan Riset dan Inovasi Daerah Kabupaten Bengkayang.